Según un estudio publicado en la revista British Medical Journal, se demuestra que la metformina puede causar una deficiencia de la vitamina B12, por malabsorción de la misma a nivel gastrointestinal, a la vez que puede afectar a la absorción de folato, y todo ello puede incrementar las concentraciones de homocisteina. La homocisteína, como tal, ha sido relacionada como un factor de riesgo cardiovascular (FRCV). En la ficha técnica del producto ya aparece como uno de los efectos adversos conocidos.
Encontrándose deficiencia en 19 (9,9%) pacientes del grupo de metformina frente a 5 (2,7%) del placebo, siendo el riesgo de deficiencia de 7,2 puntos de porcentaje en el grupo de metformina, El NND (numero de pacientes necesario para producir una deficiencia) fue de 13,8 a los 4,3 años de ingerir metformina.