La Fundación IISS ha desarrollado fundamentalmente 4 líneas de investigación:
- Utilización de servicios sanitarios, incluyendo aspectos de variabilidad y utilización inadecuada de la hospitalización, de pruebas diagnósticas, fármacos y otros recursos;
- Evaluación económica y análisis de eficiencia de la atención sanitaria,
- Efectividad de tecnologías, con un interés especial en determinadas medidas de resultado cómo la calidad de vida, y
- Efectividad y calidad de los proveedores de servicios.